Организационная структура института состоит из органов управления, структурных подразделений и служб.
Ректорат: ректор, проректор по учебной работе, проректор по научно-методической работе, проректор по стратегическому планированию и сопровождению инновационного развития регионального образования, проректор - директор центра оценки качества образования, проректор по финансово-экономической деятельности-главный бухгалтер.
Коллегиальные органы: общее собрание, ученый совет, научно-методический совет, редакционно-издательский совет института, профсоюзный комитет, совет молодых ученых и специалистов.